Le tribut payé par Berlin lors de la seconde guerre mondiale est particulièrement lourd : près de 43% des immeubles sont détruits. La reconstruction commence immédiatement avec un fil directeur commun entre les deux secteurs de la ville : on privilégie l'habitat neuf et les lieux d'habitation et de travail sont séparés.

De grands ensembles sont construits à la périphérie : Gropiusstadt (1962-1972) et le Märkisches Viertel (1963-1974). Ce n'est qu'à partir des années 60 que l'on commence à revaloriser le patrimoine architectural dans le secteur Ouest : Mietskasernen et immeubles de la fin du XIX commencent à être réhabilités.
Cette prise de conscience sera beaucoup plus tardive à l'Est, en raison des délires idéologiques des responsables politiques : il faudra attendre le 750e anniversaire de la ville en 1987.

Les "femmes des ruines"

En mai 1945, la majeure partie des hommes valides se trouve dans les camps de prisonniers alliés ; Berlin n'attend son salut que des femmes, appelées "Trümmerfrauen" qui entreprennent les premiers déblayements et les premières constructions.
Hans Scharoun, désigné chef des Services de l'Urbanisme en 1946, conçoit les premiers plans directeurs de reconstruction de Berlin, tous secteurs confondus. Très vite, la reconstruction de Berlin revêt un caractère idéologique avec la confrontation de deux blocs antagonistes. Hans Scharoun met fin à ses fonctions dès lors que la ville semble vouée à la division et se verra confier ultérieurement les projets d'aménagement du Kulturforum à Berlin Ouest.
A l'Ouest, l'on reconstruit la vitrine du capitalisme autour du Kurfürstendamm et du Bahnhof Zoo, avec pour figure de proue l'Europa-Center.

Même si le secteur Est hérite de la majeure partie des monuments historiques, le régime de Pankow souhaite faire table rase de l'héritage prussien : Berlin Est doit devenir une capitale selon le modèle socialiste : le château de Berlin en partie détruit est dynamité, la Bauakademie de Schinkel fait place au bâtiment médiocre du Ministère des Affaires étrangères de RDA. Hermann Henselmann, architecte en chef de Berlin Est conçoit l'avenue de prestige du régime, la Stalinallee (1953-1959).

L'économie planifiée souffre de nombreux dysfonctionnements en matière d'approvisionnement de matériaux de construction : les matériaux traditionnels se font rares, les Baukombinate produisent des panneaux préfabriqués à l'échelle industrielle, de fait les "Plattenbaus" envahissent le paysage urbain. Des cités dortoirs pour ouvriers surgissent un peu partout comme à Marzahn.

Les expositions universelles d'architecture de 1957 et 1987

A l'occasion de l'Interbau de 1957, un quartier modèle est construit en bordure du Tiergarten sévèrement touché par les destructions de la guerrre. L'Hansaviertel est l'exemple d'un habitat urbain éparpillé dans un milieu naturel. A ce projet ambitieux, reprenant le concept de ville paysagière de Scharoun, participent les plus grands noms de l'architecture contemporaine : Niemeyer, Le Corbusier, Alvar Aalto et Walter Gropius.
Les Américains offrent à la ville de Berlin la Halle des Congrès, la "Schwangere Auster", comme la dénomment les berlinois.
Toujours dans le cadre de l'Interbau, Le Corbusier construit une nouvelle unité d'habitation (1956-1959) aux abords du Stade Olympique.

Trente ans plus tard, a lieu l'IBA 1987, décidée par le Sénat de Berlin Ouest pour remédier aux erreurs de la reconstruction, menée parfois dans la précipitation. Elle coïncide d'ailleurs avec le 750e anniversaire de Berlin. Le groupe d'architectes, dirigé par Walter Hämer, applique un programme de réhabilitation et de construction, en vue d'améliorer les conditions de vie dans des quartiers spécifiques, Kreuzberg en particulier.

Berlin Est connait alors un phénomène similaire. Les dirigeants souhaitent rivaliser avec Berlin Ouest et décident un vaste plan de rénovation du patrimoine historique. Le Gendarmenmarkt est rénové et le quartier médiéval de Saint-Nicolas (Nikolaiviertel) est pour partie reconstruit ex nihilo.

Le renouveau des infrastructures culturelles

Avec la division de la ville, Berlin Ouest se trouve amputé de la majeure partie du noyau culturel et artistique de l'ancienne capitale du Reich.
Le centre commercial de l'Europa Center (1963-1965) confère à Berlin Ouest de nouveaux points de repère. L'église du Souvenir (Gedächtniskirche) devient le symbole de la partie occidentale de la ville. L'Eglise en ruine est conservée et complétée par un campanile moderne (1957-1963) selon les plans d'Egon Eiermann.

L'ICC, Centre International des Congrés, (1973-1979) vient renforcer les capacités d'accueil de Berlin Ouest en matière de foires et congrés de dimension internationale.

A l'initiative des Alliés, de nouvelles facultés sont inaugurées dans le secteur occidental en raison de la main mise soviétique de l'Université de Humboldt. L'Université Libre (FU, Freie Universität) et l'Université Technique (TU, Technische Universität) viennent s'y établir à partir de 1948.

Les subventions fédérales contribuent à l'émergence d'un nouveau complexe culturel (Kulturforum) au sud du Tiergarten. Sous la conduite de Scharoun, la Philharmonie (1960-1963) et la Bibliothèque nationale (1967-1978) voient le jour. La Salle de concerts de musique de chambre (1984-1987) ne sera achevée qu'après sa mort par ses élèves. Fritz Bornemann construit sur les cendres de la Städtische Oper, le nouvel opéra de Berlin Ouest, la Deutsche Oper Berlin. Le Bauhausarchiv viendra compléter le Kulturforum en 1979, avec un ensemble érigé d'après les plans de Walter Gropius.