Construite par Eduard Knoblauch entre 1859 et 1866, la Nouvelle synagogue présente un style néo byzantin, mêlé à quelques incursions mauresques.

La Nouvelle synagogue était considérée au XIXe siècle comme l'édifice religieux le plus somptueux de Berlin, jusqu'à sa profanation par les nazis lors de la Nuit de cristal du 9 Novembre 1938. Son anéantissement s'agrava en 1943, lors des bombardements alliés sur Berlin.

Elle est restée à l'état de ruine jusqu'à la chute du mur. Depuis sa restauration, elle a été aménagée en musée de la communauté juive de Berlin. Par ailleurs, sa reconstruction n'est que partielle afin de symboliser la césure de l'holocauste : en lieu et place du sanctuaire, apparaît le tracé des aménagements antérieurs.

Le 3 octobre 2000, 10eme anniversaire de la réunification allemande, la Nouvelle synagogue fut victime d'un attentat perpétré par des activistes d'extrême droite. La communauté juive de Berlin commence à s'inquiéter et songe à une éventuelle émigration si les autorités ne parviennent pas à mettre un terme à cette violence.